Laboratoř molekulární genetiky bakterií

Laboratoř molekulární genetiky bakterií hledá

  1. Diplomanta (student magisterského studia)
  2.  Ph.D. studenta (přihláška do konce dubna na UK) nebo vysokoškoláka (UK, VŠCHT)

na studium biodegradačního potenciálu mikrobiálních komunit v půdě a v rhizosféře, především na dlouhodobě silně kontaminovaných lokalitách (polycyklické a monoaromatické uhlovodíky).

Práce bude přímo navazovat na projekt financovaný z GAČR s názvem “Nové geny pro degradaci aromatických uhlovodíků ve vysoce kontaminovaném prostředí”.

Zaměření projektu je orientováno na diverzitu extradiolových dioxygenas a dále na metabolické dráhy štěpící aromatická jádra.

Požadovaný kandidát bude pracovat na metagenomových bakteriálních klonech izolovaných z půdy.

Komplexní přístup:

  1. vysokokapacitní sekvenování a analýzu metagenomových klonů s aktivitou ke katecholu; 2. funkční analýzu nových proteinů se specificitou k různým katecholovým substrátům; 3. monitorování přežití genů během kultivací mesokosmů s půdou z kontaminovaných lokalit; 4. mapování celosvětového zastoupení nově izolovaných genů ve vzorcích z různých dlouhodobě silně kontaminovaných lokalit.

Metody:

  • konstrukce a analýza klonů E. coli exprimujících extradiol dioxygenasové geny, purifikace proteinů a kinetická charakterizace substrátové specificity dioxygenas
  • PCR, RT-PCR a qPCR
  • sekvenování DNA tradičními a NGS metodami, informační analýza
  • biodegradační experimenty v půdních mesokosmech.

       Požadujeme: experimentální schopnosti a kreativitu, profesní motivaci                     

       Nabízíme: pracovni úvazek podle platových tarifů MBÚ,.v.v.i.

       Nástup: červen 2017

 

       Kontakt:   RNDr. Maria Brennerová, CSc.

                  Mikrobiologický ústav, v.v.i., AV ČR

                  Vídeňská 1083, 142 20 Praha 4

                e-mail: mbrenn@biomed.cas.cz

                Tel.:  +420 241 062 781

Posted in Kariéra, Volná PhD místa.