Laboratoř bioinformatiky

Laboratoř bioinformatiky   Vedoucí: Ing. Jiří Vohradský, CSc.

Tel.: +420 296 442 513

E-mail: vohr@biomed.cas.cz

 

 

 

Hlavním úkolem laboratoře je počítačově analyzovat, modelovat a simulovat regulační procesy v buňce, identifikovat
a předpovídat funkce RNA a poskytovat bioinformatickou podporu při analýze naměřených dat. Vyvíjíme počítačové deterministické a stochastické modely regulace genové exprese a používáme statistické metody a metody umělé inteligence pro analýzu rozsáhlých dat spojených s genovou expresí. Předpovídáme počítačově nové ncRNA a identifikujeme jejich funkci s využitím strukturní podobnosti s funkčně charakterizovanými ncRNA. Ve spolupráci s Laboratoří genové exprese pracujeme na predikci funkce mRNA a rRNA při translaci u eukaryot, kdy se formují specifické sekundární struktury mRNA, které pak interagují s ribosomálním komplexem a rRNA.

Laboratoř je rozdělena na dvě části – výpočetní a molekulárně biologickou, molekulárně biologická spolupracuje s laboratoří Dr. J. Bobka z 1.lékařské fakulty UK v Praze a generuje data, která jsou pak zdrojem pro výpočetní a simulační experimenty.

Pro ukládání a sdílení rozsáhlých proteomických dat jsme založili (původně ve spolupráci s Biozentrem univerzity v Basileji) databázi a proteomický server SWICZ. Server poskytuje přístup k proteomickým databázím streptomycet a caulobacteru naměřeným ve spolupracujících laboratořích a je vybaven grafickým uživatelským prostředím a programy pro prohledávání zmíněných databází. Databáze jsou propojeny s dalšími datovými zdroji, jako je GeneBank, nebo KEGG.

Poskytujeme rovněž nástroje pro simulaci kinetiky genetických sítí (program GenExp).

Laboratoř je zapojena do projektů velkých evropských infrastruktur ESFRI, ERIC, konkrétně projektů ELIXIR-CZ , který je členem velké evropské infrastruktury ELIXIR – European Life Science Infrastructure for Biological Information a C4ys, který je českým uzlem ISBE  – Infrastructure for Systems Biology Europe, kde je J. Vohradský členem rady obou infrastruktur.

Laboratoř byla součástí konsorcia ActinoGEN 6. rámcového programu EU.

Více informací: