Laboratoř bioinformatiky

vohradsky nove foto
  Vedoucí: Ing. Jiří Vohradský, CSc.

  Tel.: +420 296 442 513

   E-mail: vohr@biomed.cas.cz

 

 

Hlavní náplní laboratoře je počítačová analýza, modelování a simulace regulačních procesů v buňce, identifikace a predikce funkcí RNA a poskytování bioinformatické podpory pro měřená data. Vyvíjíme počítačové deterministické a probabilistické modely regulace genové exprese a používáme metod statistiky a umělé inteligence pro analýzu rozsáhlých dat genové exprese.

Pomocí výpočetních postupů předpovídáme nové ncRNA a pomocí strukturní podobnosti k již funkčně charakterizovaným molekulám identifikujeme jejich funkci. Ve spolupráci s laboratoří regulace genové exprese a laboratoří RNA biologie ÚMG AVČR  předpovídáme funkce mRNA, rRNA a snRNA v eukaryotické genové expresi.

Laboratoř je rozdělena na dvě části – výpočetní a laboratorní, která ve spolupráci s laboratoří mikrobiální genetiky a genové exprese a s laboratoří Dr. Bobka (První lékařská fakulta Univerzity Karlovy v Praze), připravuje většinu dat zpracovávaných v laboratoři.

Pero ukládání rozsáhlých proteomických dat byl založen (původně ve spolupráci s Biozentrem University v Basileji) databázový proteomický server SWICZ. Server poskytuje přístup k proteomickým databázím streptomycet,  meningokoka, a kaulobakteru a je vybaven grafickým rozhraním a vyhledávacími nástroji pro efektivní prohledávání databází. Databáze jsou propjeny s dalšími zdroji dat, jako je GeneBank a KEGG. Laboratoř provozuje další dva servery pro analýzu sekundárních struktur RNA cpPredictor a rPredictor.

Poskytujeme take nástroje pro simulaci kinetiky genové exprese, GenExpi provozovaná v prostředí Cytoscape  nebo jako R package, nebo z příkazového řádku.

Laboratoř je zapojena v Evropském projektu velkých infrastruktur ESFR a ERIC, knkrétně v projektech ELIXIR-CZ, který je součástí evropské infrastruktury ELIXIR – European Life Science Infrastructure for Biological Information, and C4SYS, the  Czech node of ISBE – Infrastructure for Systems Biology Europe, kde je J. Vohradský členem rad obou infrastruktur.

Laboratoř se podílela na projektu ActinoGEN 6. Rámcového programu EU.

 

 

Více informací:

 

Konkurz na obsazení místa PhD studia

INZERÁT ZDE