Laboratory of  Molecular Structure Characterization

Laboratoř charakterizace molekulární struktury

Head of the Laboratory: Prof.  Vladimír Havlíček, PhD.

Phone: +420 241 062 786
Email: vlhavlic@biomed.cas.cz

Website: http://ms.biomed.cas.cz/

Prof. Ing. Vladimír Havlíček, Dr. Vedoucí laboratoře
RNDr. Oldřich Benada, CSc. Vědecký pracovník
Ing. Marek Kuzma, Ph.D. Vědecký pracovník
Ing. Jaroslav Červený, Ph.D. Vědecký pracovník
Mgr. Josef Chmelík, Ph.D. Vědecký pracovník
Ing. Petr Halada, Ph.D. Vědecký pracovník
RNDr. Olga Kofroňová, CSc. Vědecký pracovník
Mgr. Dominika Luptáková, Ph.D. Vědecký pracovník
RNDr. Helena Marešová, CSc. Vědecký pracovník
Ing. Jiří Novák, Ph.D. Vědecký pracovník
RNDr. Andrea Palyzová, Ph.D. Vědecký pracovník
Ing. Dušan Pavlík, Ph.D. Vědecký pracovník
RNDr. Helena Pelantová, Ph.D. Vědecký pracovník
Mgr. Anton Škríba, Ph.D. Vědecký pracovník
Ing. Ludovít Škultéty, DrSc. Vědecký pracovník
Mgr. Helena Faltýsková Vědecký pracovník part-time
prof. RNDr. Karel Lemr, Ph.D. Vědecký pracovník part-time
Mgr. Renata Ptáčková, Ph.D. Vědecký pracovník part-time
Doc. RNDr. Miroslav Šulc Vědecký pracovník part-time
RNDr. Zdeněk Žižka, DrSc. Vědecký pracovník part-time
Zuzana Večerková Technický pracovník
Jakub Zápal Technický pracovník
Mgr. Martina Bugáňová Postgraduální student
Mgr. Petra Lacinová Postgraduální student
RNDr. Tomáš Pluháček Postgraduální student
Bc. Tereza Juříková student
RNDr. Petr Man, Ph.D. Vědecký pracovník Vestec
RNDr. Daniel Kavan, Ph.D. Vědecký pracovník Vestec
RNDr. Petr Novák, Ph.D. Vědecký pracovník Vestec
Mgr. Petr Pompach Vědecký pracovník Vestec

Laboratory Orientation

Laboratory combines three analytical tools for the characterization of molecular structure: mass spectrometry, nuclear magnetic resonance spectroscopy and microscopy. The instrumentation is spread in buildings A, C, U and L on campus. Service analyses are possible and samples can be tracked via the Request application.

MS group is focused mainly to proteomics and peptidomics fields, although some minor small molecule analysis has also been carried out from time-to-time. MS3D approaches are represented by chemical crosslinking, hydrogen-deuterium exchange and molecular modeling. For biomolecular separation prior to mass spectrometry 1D/2D chromatographic or gel methods are being employed. For molecular 2D visualization mass spectrometry imaging protocols have been developed (MALDI and NALDI) and implemented on 12T FTICR for lipid analysis in tissues.

NMR operates a four channel 700 MHz instrument with a cryo-probe dedicated to protein analysis (2013). Older (2009) 400 MHz instrument has been dedicated to analysis of mostly low molecular weight natural compounds, their semisynthetic derivatives or biotransformation products. The third, four channel 600 MHz NMR instrument, was upgraded to HPLC-MS/NMR configuration in 2013 and is used for metabolomics projects (Bruker micrOTOF-Q III and SPE).

Microscopy group runs multiple electron as well as optical microscopy equipment. In 2014 a new scanning electron microscope FEI Nova NanoSEM 450 was installed. In accord with other laboratory groups extensive service measurements are being carried out for the whole biological campus in Krc as documented by considerable number of collaborations and joint publications.

November 2016

Interview with Vladimír Havlíček
10:37 

Structural Analysis of Natural Products
Jakub Přichystal, Kevin A. Schug, Karel Lemr, Jiří Novák, and Vladimír Havlíček

DOI: 10.1021/acs.analchem.6b02386

lab.113_analytical chemistry