Laboratoř bioinformatiky
Vedoucí laboratoře:
Ing. Jiří Vohradský, CSc.
Tel.: (+420) 296 442 513
E-mail: vohr@biomed.cas.cz
Webové stránky laboratoře
| Ing. Jiří Vohradský, CSc. | Vedoucí laboratoře |
| Ing. Josef Pánek, Ph.D. | Vědecký pracovník |
| Ing. Marek Schwarz | Doktorand |
| Mgr. Martin Modrák, Ph.D. | Odborný pracovník |
| Mgr. Jan Jelínek | Odborný pracovník |
Hlavní náplní laboratoře je počítačová analýza, modelování a simulace regulačních procesů v buňce, identifikace a predikce funkcí RNA a poskytování bioinformatické podpory pro měřená data. Vyvíjíme počítačové deterministické a probabilistické modely regulace genové exprese a používáme metod statistiky a umělé inteligence pro analýzu rozsáhlých dat genové exprese.
Pomocí výpočetních postupů předpovídáme nové ncRNA a pomocí strukturní podobnosti k již funkčně charakterizovaným molekulám identifikujeme jejich funkci. Ve spolupráci s laboratoří regulace genové exprese a laboratoří RNA biologie ÚMG AVČR předpovídáme funkce mRNA, rRNA a snRNA v eukaryotické genové expresi.
Laboratoř je rozdělena na dvě části – výpočetní a laboratorní, která ve spolupráci s laboratoří mikrobiální genetiky a genové exprese a s laboratoří Dr. Bobka (První lékařská fakulta Univerzity Karlovy v Praze), připravuje většinu dat zpracovávaných v laboratoři.
Pero ukládání rozsáhlých proteomických dat byl založen (původně ve spolupráci s Biozentrem University v Basileji) databázový proteomický server SWICZ. Server poskytuje přístup k proteomickým databázím streptomycet, meningokoka, a kaulobakteru a je vybaven grafickým rozhraním a vyhledávacími nástroji pro efektivní prohledávání databází. Databáze jsou propjeny s dalšími zdroji dat, jako je GeneBank a KEGG. Laboratoř provozuje další dva servery pro analýzu sekundárních struktur RNA cpPredictor a rPredictor.
Poskytujeme take nástroje pro simulaci kinetiky genové exprese, GenExpi provozovaná v prostředí Cytoscape nebo jako R package, nebo z příkazového řádku.
Laboratoř je zapojena v Evropském projektu velkých infrastruktur ESFR a ERIC, knkrétně v projektech ELIXIR-CZ, který je součástí evropské infrastruktury ELIXIR – European Life Science Infrastructure for Biological Information, and C4SYS, the Czech node of ISBE – Infrastructure for Systems Biology Europe, kde je J. Vohradský členem rad obou infrastruktur.
Laboratoř se podílela na projektu ActinoGEN 6. Rámcového programu EU.