vohradsky nove foto
Vedoucí:
Ing. Jiří Vohradský, CSc.

Tel.: +420 296 442 513

E-mail: vohr@biomed.cas.cz

Hlavní náplní laboratoře je počítačová analýza, modelování a simulace regulačních procesů v buňce, identifikace a predikce funkcí RNA a poskytování bioinformatické podpory pro měřená data. Vyvíjíme počítačové deterministické a probabilistické modely regulace genové exprese a používáme metod statistiky a umělé inteligence pro analýzu rozsáhlých dat genové exprese.

Pomocí výpočetních postupů předpovídáme nové ncRNA a pomocí strukturní podobnosti k již funkčně charakterizovaným molekulám identifikujeme jejich funkci. Ve spolupráci s laboratoří regulace genové exprese a laboratoří RNA biologie ÚMG AVČR  předpovídáme funkce mRNA, rRNA a snRNA v eukaryotické genové expresi.

Laboratoř je rozdělena na dvě části – výpočetní a laboratorní, která ve spolupráci s laboratoří mikrobiální genetiky a genové exprese a s laboratoří Dr. Bobka (První lékařská fakulta Univerzity Karlovy v Praze), připravuje většinu dat zpracovávaných v laboratoři.

Pero ukládání rozsáhlých proteomických dat byl založen (původně ve spolupráci s Biozentrem University v Basileji) databázový proteomický server SWICZ. Server poskytuje přístup k proteomickým databázím streptomycet,  meningokoka, a kaulobakteru a je vybaven grafickým rozhraním a vyhledávacími nástroji pro efektivní prohledávání databází. Databáze jsou propjeny s dalšími zdroji dat, jako je GeneBank a KEGG. Laboratoř provozuje další dva servery pro analýzu sekundárních struktur RNA cpPredictor a rPredictor.

Poskytujeme take nástroje pro simulaci kinetiky genové exprese, GenExpi provozovaná v prostředí Cytoscape  nebo jako R package, nebo z příkazového řádku.

Laboratoř je zapojena v Evropském projektu velkých infrastruktur ESFR a ERIC, knkrétně v projektech ELIXIR-CZ, který je součástí evropské infrastruktury ELIXIR – European Life Science Infrastructure for Biological Information, and C4SYS, the  Czech node of ISBE – Infrastructure for Systems Biology Europe, kde je J. Vohradský členem rad obou infrastruktur.

Laboratoř se podílela na projektu ActinoGEN 6. Rámcového programu EU.

Více informací:

Fotogalerie

Zaměstnanci

Ing. Jiří Vohradský, CSc. Vedoucí laboratoře
Mgr. Jan Jelínek Technický pracovník
Mgr. Martin Modrák Vědecký pracovník
Ing. Josef Pánek Vědecký pracovník
Ing. Marek Schwarz Student
Ing. Klára Šmídová Student Mateřská dovolená
Bc. Alice Ziková Technický pracovník