Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. v současnosti představuje největší pracoviště v České republice, které komplexně studuje vlastnosti mikroorganizmů (bakterií, kvasinek, hub a řas) a savčích buněčných linií z hlediska základního výzkumu i z hlediska jejich praktické využitelnosti v průmyslu či medicíně.

Hlavními směry výzkumu ústavu jsou buněčná a molekulární mikrobiologie, genetika a fyziologie mikroorganizmů a jejich rezistence vůči antibiotikům, produkce mikrobiálních metabolitů a jejich biotransformace a šlechtění produkčních kmenů.

K důležitým oblastem patří půdní ekologie, ekotoxikologie a mikrobiální degradace organických polutantů v životním prostředí.

Část ústavu zaměřená na imunologické problematiky se věnuje významu mikroorganizmů ve fylogenetickém a ontogenetickém vývoji imunity a při vzniku autoimunitních chorob a v neposlední řadě imunoterapii nádorových
onemocnění.

Ústav má čtyři mimopražská pracoviště, a to v Třeboni Centrum ALGATECH, ve Vestci Centrum BIOCEV, v Novém Hrádku Laboratoř gnotobiologie a Kongresové, školící a ubytovací centrum  v Nových Hradech.