V Mikrobiologickém ústavu se tým pod vedením Dr. Kolaříka zabývá výzkumem mikroskopických hub. U nových druhů hub studují produkci toxinů a jiných sekundárních metabolitů. Konkrétně se jedná o protinádorovou a antimikrobiální aktivitu. Další skupinou hub, ze které se vyrábí léčiva, je námel (Clavicepspurpurea). Skutečně velký objev se podařil u houby Quambalaria cyanescens, která je příležitostným patogenem člověka.