Laboratoř biologie sekundárního metabolismu

Ing. Jiří Janata, CSc.

 

Vedoucí laboratoře:

Ing. Jiří Janata, CSc

 

Tel.: (+420) 296 442 370
E-mail:  janata@biomed.cas.cz

Webové stránky laboratoře

Ing. Jiří Janata, CSc. Vedoucí laboratoře
Mgr. Lucie Najmanová, Ph.D. Vědecký pracovník
Mgr. Gabriela Novotná Balíková, Ph.D. Vědecký pracovník
Mgr. Zdeněk Kameník , Ph.D. Vědecký pracovník
RNDr. Pavel Kyslík, CSc. Vědecký pracovník
Ing. Radek Gažák Ph.D. Vědecký pracovník
Mgr. Stanislav Kadlčík , Ph.D. Vědecký pracovník
RNDr.  Markéta Koběrská, Ph.D. Vědecký pracovník
Vladimir Vimberg , Ph.D. Vědecký pracovník
Mgr. Aninda Mazumdar, Ph.D. Postdoktorand
Mgr. Lucie Steiningerová Doktorand
Mgr. Barbora Tešínská Doktorand
Mgr. Šimon Vobruba Doktorand
Mgr. Magdalena Lenartová Doktorand
Mgr.  Jana Veselá Odborný pracovník
Bc. Jan Kýr Student
Ing. Anna Gažáková Odborný pracovník
Mgr. Natalia Slonská Odborný pracovník
Ing. Lada Brázdová Doktorand
Bc. Anna Jelínková Student
Pavla Kožnarová Student
Bc. Michaela Novotná Student
Bc. Monika Bartalová Student
Bc. Lukáš Kekrt Student
Bc. Ondřej Hřebíček Student

Hlavním tématem laboratoře je studium biosyntézy mikrobiálních sekundárních metabolitů, tj. jak bakterie „vyrábějí“ biologicky aktivní látky, jako jsou např. antibiotika (v našem případě linkomycin – běžně používaný např. ve stomatologii) nebo protinádorové pyrrolobenzodiazepiny. Detailní znalost biosyntetických drah je totiž prvním předpokladem pro jejich modifikaci s cílem produkovat nové, ještě účinnější látky.

S tímto tématem úzce souvisí i studium mechanismů účinku antibiotik a resistence vůči nim. Předmětem našeho zájmu jsou kromě již zmíněných linkosamidů (linkomycin) také makrolidová antibiotika (např. erythromycin), streptograminy (např. chinupristin/dalfopristin) a glykopeptidy (vankomycin a teikoplanin). Mechanismy účinku a rezistence studujeme i na klinických izolátech stafylokoků z českých nemocnic.

Moderní metody vysokoúčinného paralelního sekvenování DNA využíváme pro vyhledávání producentů nových, potenciálně zajímavých biologicky účinných látek v životním prostředí. Tyto metody využíváme také ke sledování druhového složení bakteriálních komunit v prostředí např. v závislosti na znečištění (např. monitoring efektivity komunálních i průmyslových čističek odpadních vod).

Aplikačně zaměřeným projektem z této oblasti je studium druhového složení bakteriálních společenstev v dutině ústní u pacientů s parodontitidou a změny v těchto společenstvech v závislosti na léčbě a klinickém stavu pacienta. Cílem projektu bylo vyvinout účinnější systém monitorování vzniku onemocnění parodontu i průběhu léčby (včetně odezvy na podání antibiotik), což by ve svém důsledku vedlo ke značnému snížení nákladů na léčbu tohoto společensky závažného onemocnění, které ohrožuje přes 30% světové populace. Výstupem projektu je kromě řady publikací také aplikace HOME (Human oral microbiome evaluation), která v sobě shrnuje veškeré poznatky, získané v průběhu řešení projektu, a která umožňuje predikci rizika vzniku parodontitidy na základě vyhodnocení taxonomického složení orálního mikrobiomu.

Software HOME je volně dostupný ke stažení ZDE

Technická dokumentace k aplikaci ZDE

Podrobný návod pro odběr a zpracování vzorku a vyhodnocení sekvenačních dat (vytvoření tabulky relativních abundancí identifikovaných taxonů ve formátu pro HOME) je ZDE

Návod pro práci s HOME ZDE

Více informací icon_linkout