Laboratoř biologie sekundárního metabolismu
Vedoucí laboratoře:
Mgr. Zdeněk Kameník, Ph.D.
Tel.: (+420) 296 442 616
E-mail: kamenik@biomed.cas.cz
Webové stránky laboratoře
| Ing. Jiří Janata, CSc. | Vedoucí laboratoře |
| Mgr. Lucie Najmanová, Ph.D. | Vědecký pracovník |
| Mgr. Gabriela Novotná Balíková, Ph.D. | Vědecký pracovník |
| Mgr. Zdeněk Kameník , Ph.D. | Vědecký pracovník |
| RNDr. Pavel Kyslík, CSc. | Vědecký pracovník |
| Ing. Radek Gažák Ph.D. | Vědecký pracovník |
| Mgr. Stanislav Kadlčík , Ph.D. | Vědecký pracovník |
| RNDr. Markéta Koběrská, Ph.D. | Vědecký pracovník |
| Vladimir Vimberg , Ph.D. | Vědecký pracovník |
| Mgr. Aninda Mazumdar, Ph.D. | Postdoktorand |
| Mgr. Lucie Steiningerová | Doktorand |
| Mgr. Barbora Tešínská | Doktorand |
| Mgr. Šimon Vobruba | Doktorand |
| Mgr. Magdalena Lenartová | Doktorand |
| Mgr. Jana Veselá | Odborný pracovník |
| Bc. Jan Kýr | Student |
| Ing. Anna Gažáková | Odborný pracovník |
| Mgr. Natalia Slonská | Odborný pracovník |
| Ing. Lada Brázdová | Doktorand |
| Bc. Anna Jelínková | Student |
| Pavla Kožnarová | Student |
| Bc. Michaela Novotná | Student |
| Bc. Monika Bartalová | Student |
| Bc. Lukáš Kekrt | Student |
| Bc. Ondřej Hřebíček | Student |
Hlavním tématem laboratoře je studium biosyntézy mikrobiálních sekundárních metabolitů, tj. jak bakterie „vyrábějí“ biologicky aktivní látky, jako jsou např. antibiotika (v našem případě linkomycin – běžně používaný např. ve stomatologii) nebo protinádorové pyrrolobenzodiazepiny. Detailní znalost biosyntetických drah je totiž prvním předpokladem pro jejich modifikaci s cílem produkovat nové, ještě účinnější látky.
S tímto tématem úzce souvisí i studium mechanismů účinku antibiotik a resistence vůči nim. Předmětem našeho zájmu jsou kromě již zmíněných linkosamidů (linkomycin) také makrolidová antibiotika (např. erythromycin), streptograminy (např. chinupristin/dalfopristin) a glykopeptidy (vankomycin a teikoplanin). Mechanismy účinku a rezistence studujeme i na klinických izolátech stafylokoků z českých nemocnic.
Moderní metody vysokoúčinného paralelního sekvenování DNA využíváme pro vyhledávání producentů nových, potenciálně zajímavých biologicky účinných látek v životním prostředí. Tyto metody využíváme také ke sledování druhového složení bakteriálních komunit v prostředí např. v závislosti na znečištění (např. monitoring efektivity komunálních i průmyslových čističek odpadních vod).
Aplikačně zaměřeným projektem z této oblasti je studium druhového složení bakteriálních společenstev v dutině ústní u pacientů s parodontitidou a změny v těchto společenstvech v závislosti na léčbě a klinickém stavu pacienta. Cílem projektu bylo vyvinout účinnější systém monitorování vzniku onemocnění parodontu i průběhu léčby (včetně odezvy na podání antibiotik), což by ve svém důsledku vedlo ke značnému snížení nákladů na léčbu tohoto společensky závažného onemocnění, které ohrožuje přes 30% světové populace. Výstupem projektu, podpořeného grantem Agentury pro zdravotnický výzkum Ministerstva zdravotnictví ČR reg. č. 17-30753A, je kromě řady publikací také aplikace HOME (Human oral microbiome evaluation), která v sobě shrnuje veškeré poznatky, získané v průběhu řešení projektu, a která umožňuje predikci rizika vzniku parodontitidy na základě vyhodnocení taxonomického složení orálního mikrobiomu.
Software HOME je volně dostupný ke stažení ZDE
Technická dokumentace k aplikaci ZDE
Podrobný návod pro odběr a zpracování vzorku a vyhodnocení sekvenačních dat (vytvoření tabulky relativních abundancí identifikovaných taxonů ve formátu pro HOME) je ZDE
Návod pro práci s HOME ZDE
